Sự chống trả ngoan cường của quân dân Chiêm Thành đã khiến kế hoạch bành trướng xuống phương nam của vua tôi nước Nguyên không thể như dự kiến. Chiêm quốc đã không dễ bị khuất phục, trở thành công cụ cho đế quốc Nguyên Mông như toan tính ban đầu của Hốt Tất Liệt mà đã đáp trả quân xâm lược những đòn mạnh mẽ, khiến kẻ địch nhiều phen điêu đứng. Tuy vậy, cho đến năm 1284 việc quân Nguyên vẫn trụ được ở phía bắc Chiêm Thành và duy trì được quân số ngót gần 10 vạn (tính quân Nguyên và ngụy binh người Chiêm Thành) dưới trướng Toa Đô vẫn là một mối hiểm họa cho cả hai nước Đại Việt và Chiêm Thành.
Bị sa lầy tại Chiêm Thành, Toa Đô đã khuyên vua Nguyên Hốt Tất Liệt thay đổi kế hoạch, chuyển hướng tấn công Đại Việt trước, mở thông con đường bộ tiến xuống phương nam. Trong suốt năm 1284, khắp các vùng phương nam nước Nguyên sôi sục việc chuẩn bị tiến đánh Đại Việt để thực hiện kế hoạch xâm lược mới. Đến năm 1285, 50 vạn quân Nguyên dưới trướng Thoát Hoan, A Lý Hải Nha đánh xuống, 10 vạn quân Toa Đô đánh lên. Nước Đại Việt bấy giờ dưới sự cai trị của vua Trần Nhân Tông và Thượng hoàng Trần Thánh Tông vốn đã nhiều năm quen cảnh thái bình, nay lâm vào thế lưỡng đầu thọ địch trong một cuộc chiến tưởng chừng như không cân sức. Nhưng với sức mạnh và ý chí chiến đấu tuyệt vời của các tầng lớp quân dân cùng với tài năng xuất chúng của các tướng lĩnh, sự đoàn kết trên dưới một lòng, dần dần những đòn vũ bão của quân Nguyên bị hóa giải. Thoạt đầu, kế Vườn không nhà trống khiến cho khả năng tìm kiếm lương thực tại chỗ của quân Nguyên bị hạn chế tối đa, làm chúng sớm lâm vào cảnh thiếu thốn lương thực. Quân Đại Việt không giữ lấy cao nguyên như quân Chiêm, mà dùng thủy quân dựa vào sông nước, biển cả tiến hành chiến tranh. Quân Nguyên tuy đông nhưng dần bị kéo giãn ra, vừa phải chia quân giữ đường tiếp tế, vừa phải phân tán đi lùng sục cướp bóc lương ăn, chia quân đóng giữ những điểm xung yếu … Lực lượng cơ động còn lại của giặc thì sa vào những cuộc rượt đuổi với thủy quân nhà Trần mà phần thua thường thuộc về chúng bởi khả năng hành quân và nghi binh điêu luyện của quân nhà Trần. Đến khi quân giặc đã mỏi mệt, quân dân Đại Việt tiến hành phản công mạnh mẽ. Những chiến công Chương Dương, Hàm Tử, Tây Kết gắn liền với hàng loạt những tên tuổi Trần Hưng Đạo, Trần Quang Khải, Trần Nhật Duật … đã nhấn chìm quân xâm lược cuồng bạo. Thoát Hoan phải chui ống đồng mà trốn chạy qua ải, Toa Đô thì bị bêu đầu. Trong khoảng thời gian trên dưới nửa năm, quân dân Đại Việt đã khiến cho hơn nửa triệu quân Nguyên Mông hùng mạnh tan tác. Đây quả thực là một trong những võ công lừng lẫy nhất thời đại bấy giờ.
Chiến thắng của Đại Việt đã tạo thời cơ vô cùng thuận lợi cho quân Chiêm Thành giải phóng toàn bộ đất nước. Trước đó khi Toa Đô đem quân bắc tiến phối hợp với Thoát Hoan thì đã chia quân cho Diệp Hắc Mê Thất (Yigmis) đóng giữ tại bắc Chiêm Thành. Số quân ít ỏi này vốn chỉ đủ cầm chừng chờ quân Nguyên thôn tính Đại Việt. Khi Thoát Hoan cùng Toa Đô thua tan nát ở chiến trường Đại Việt, Diệc Hắc Mê Thất cũng đành phải lên thuyền rút quân về nước, tránh nguy cơ bị tiêu diệt trong sớm chiều. Nước Chiêm Thành do đó thoát được họa Nguyên Mông. Những người Chiêm trước đó trót theo quân Nguyên đa phần cũng trốn theo đoàn quân của Diệp Hắc Mê Thất. Số ngụy binh người Chiêm theo Toa Đô vào Đại Việt bị quân nhà Trần bắt sống được trả về cho triều đình Chiêm Thành trị tội.
Năm 1288, vua Indravarman V mất, thái tử Harijit lên nối ngôi, lấy hiệu là Jaya Sinhavarman III ( sử Việt gọi là Chế Mân ). Chiêm Thành lúc này đã có được hòa bình để tái thiết đất nước. Trong khi đó, quân dân Đại Việt vẫn phải chịu thêm một cuộc xâm lược quy mô lớn nữa từ nước Nguyên. Cuối năm 1287, Nguyên triều huy động hơn 30 vạn quân, 600 chiến thuyền, 17 vạn thạch lương (có sách chép 70 vạn thạch) sang đánh Đại Việt, dưới quyền tổng chỉ huy của Thoát Hoan. Rút kinh nghiệm lần trước, lần ra quân này quân Nguyên đã xây dựng một hạm đội hùng mạnh hơn và có riêng một hạm đội tải lương. Chỉ huy đạo thủy quân là tướng Ô Mã Nhi, một tướng giỏi, có nhiều kinh nghiệm ở chiến trường Đại Việt và rất tàn bạo. Dù chuẩn bị kỹ lưỡng như vậy nhưng kết cuộc của kẻ xâm lược còn tệ hại hơn lần trước. Thoát Hoan mặc dù vẫn tiến quân như vũ bão nhưng không giành được lợi thế chiến lược nào đáng kể trước sự bố phòng tinh tế của quân Đại Việt. Quân Nguyên tiến chiếm được Thăng Long nhưng rồi lại phải rút về giữ Vạn Kiếp chứ không dám đóng quân trong kinh thành nước Đại Việt. Tháng 2/1288, hạm đội tải lương của chúng lại bị Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư tiêu diệt ở trận Vân Đồn. Chẳng còn lương thực, Thoát Hoan không còn cách nào khác là chia quân làm hai đường thủy bộ mà rút về nước. Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn đã tổ chức đón lõng địch trên cả hai hướng rút quân để giáng cho chúng thiệt hại nặng nề nhất có thể, không cho đạo quân xâm lược có cơ hội bảo toàn lực lượng. Cánh quân bộ của Thoát Hoan bị trúng kế nghi binh nên đi vào đường hẹp mà quân ta mai phục đợi sẵn, khiến quân tướng giặc phải bỏ xác trên đường và phải chạy dài. Cánh thủy quân dưới quyền Ô Mã Nhi là lực lượng được triều đình Đại Việt đánh giá là đặc biệt nguy hiểm nên đặt trọng tâm tiêu diệt. Ngày 9/4/1288, quân Đại Việt đã đánh một trận lớn ở cửa sông Bạch Đằng, diệt gọn và bắt sống toàn bộ đạo thủy quân của giặc với trên dưới 6 vạn quân, 600 chiến thuyền, khép lại cuộc kháng chiến chống Nguyên Mông lần thứ 3.
Ba lần chiến thắng quân Nguyên Mông đã khiến uy danh của nước Đại Việt lừng lẫy khắp các nước lân bang. Chiêm Thành sau khi chứng kiến sức mạnh của Đại Việt trong cuộc chiến càng thêm vị nể và tin tưởng vào liên minh hai nước. Bên cạnh đó, vua Jaya Sinhavarman III cũng kết thân với các nước Majapahit và Java (thuộc Indonesia ngày nay), Yavadvipa (thuộc Malaysia ngày nay) trong bối cảnh vua Nguyên là Hốt Tất Liệt vẫn chưa chịu từ bỏ dã tâm tiến chiếm vùng Đông Nam Á. Năm 1293, quân Nguyên đi đánh nước Java, Madjapahit. Tướng Nguyên đã trơ trẽn đề nghị vua Chiêm cho chúng vào bờ mua vật phẩm dự trữ. Tất nhiên, vua Jaya Sinhavarman III đã thẳng thừng từ chối. Rốt cuộc quân Nguyên lại thất bại trở về. Hốt Tất Liệt một lần nữa nhận ra rằng quân đội của hắn sẽ chẳng thể nào làm nên trò trống gì nếu cứ phải hành quân bằng đường biển xuống nam. Vua Nguyên khởi động trở lại kế hoạch xâm lược Đại Việt một lần nữa. Việc chuẩn bị xâm lược đang dang dở thì Hốt Tất Liệt bệnh chết, vua kế nhiệm là Nguyên Thành Tông nhận thấy rằng việc nam chinh quá hao người tốn của mà khả năng chiến thắng lại mong manh nên đã hạ lệnh bãi binh. Các nước phương nam từ đó mới được yên ổn.
Sau khi thoát được nạn Nguyên Mông, Đại Việt và Chiêm Thành cùng bước vào kỷ nguyên thịnh vượng. Đặc biệt là Chiêm Thành, vua Jaya Sinhavarman III là một vị vua anh minh và thương dân. Dưới sự cai trị của ông, cả việc đối nội và đối ngoại của Chiêm Thành đều được hòa mục, thuận lợi. Với nền tảng thương mại truyền thống và sự ổn định về chính trị, Chiêm Thành nhanh chóng trở nên hùng cường. Vua Jaya Sinhavarman III vẫn duy trì triều cống đối với Đại Việt, nhưng vị thế của Chiêm Thành đã không còn lép vế như trước. Sứ giả Đại Việt cũng thường sang Chiêm Thành.
Sau hàng trăm năm chiến tranh, đây là quãng thời gian hiếm hoi mà nước Chiêm Thành không thù địch và chịu sự thù địch với các nước láng giềng. Nhờ đó, vua Jaya Shinhavarman III được rảnh tay mở rộng lãnh thổ về hướng tây, chinh phục các bộ lạc trên cao nguyên bằng cả ngoại giao và răn đe vũ lực. Các vùng cao nguyên DakLak (tỉnh Đăk Lăk, Đăk Nông ngày nay), Langbiang (tỉnh Lâm Đồng ngày nay) từ chỗ là vùng ảnh hưởng không thường xuyên đã trở thành lãnh thổ chính thức của Chiêm Thành. Vùng cao nguyên rộng lớn này là một vùng đất quan trọng đối với nước Chiêm Thành, là vùng các vua chúa nước Chiêm có thể rút về thủ hiểm khi có chiến tranh lớn và cũng là nơi khai thác lâm sản, thổ sản.
Năm 1301, Thượng hoàng Trần Nhân Tông sang thăm nước Chiêm Thành theo lời mời của vua Chiêm và đã ở lại cung điện Chiêm Thành đến 9 tháng. Triều đình Chiêm quốc đã tiếp đãi Thượng hoàng nước Đại Việt rất nồng hậu. Trong chuyến thăm này, Thượng hoàng Trần Nhân Tông đã hứa gả công chúa Huyền Trân cho vua Jaya Sinhavarman III. Đổi lại, vua Chiêm Thành xin dâng hai châu Ô (thuộc nam Quảng Trị ngày nay), châu Lý (tỉnh Thừa Thiên-Huế ngày nay) để làm sính lễ cưới Huyền Trân. Hôn ước này càng khiến quan hệ hai nước thêm thắm thiết.
Quốc Huy/Một Thế Giới