Khi Napoleon rời Ai Cập về Pháp để tranh giành quyền lực, quyền chỉ huy lực lượng đồn trú được trao lại cho tướng Kleber.
Nghĩ rằng quân Pháp đã suy yếu, người Anh dùng ngoại giao xúi bẩy Thổ Nhĩ Kỳ đưa quân vào Ai Cập tham chiến, nhưng bị tướng Kleber đánh tan tác ở Heliopolis bằng một lực lượng ít hơn nhiều (12.000 vs 45.000). Khi viên tướng tài này bị ám sát, cấp phó là tướng Menou lên nắm quyền không có đủ bản lĩnh lẫn uy tín để thay thế.
Tháng 3 năm 1801, Menou đã không thể ngăn hạm đội Anh của đô đốc Abercromby đổ quân xuống Ai Cập và sau vài trận đánh thăm dò, hai bên tổ chức giao chiến ở eo đất hẹp giữa biển và hồ Abukir. Dù đông hơn (18.000 so với 14.000) và chiếm ưu thế tuyệt đối về kỵ binh, nhưng việc chọn địa điểm sai lầm đã dẫn đến thất bại của tướng Menou.
Số lượng pháo mặt đất hai bên là ngang nhau nhưng quân Anh lại có các pháo hạm đang neo đậu ngoài biển bắn yểm trợ vào, tạo lợi thế rất lớn; còn kỵ binh Pháp cứ chạy quanh các ô vuông bộ binh mà không thể làm gì (bộ binh Anh có tốc độ bắn súng hỏa mai nhanh nhất thế giới thời đó). Sau 7 tiếng đồng hồ giao tranh, quân Pháp phải rút lui với thương vong 4000 người (gấp đôi thiệt hại phía Anh).
Tướng Menou rút về thành Alexandria cố thủ và bị vây chặt bởi lực lượng tăng cường lên đến 20.000 lính, người Anh chẹn hết lương thảo tiếp tế nên số quân trong thành phố đành phải đầu hàng tháng 9 năm đó. Các điều kiện đầu hàng khá rộng rãi và khoan dung: sau khi giao nộp các tàu còn lại trong cảng và cơ sở vật chất, toàn bộ lính và sĩ quan có thể giữ hành lí và vũ khí cá nhân, tàu vận tải Anh chở họ về tận cảng ở miền Nam Pháp để trao trả.
Sau này Napoleon có tiếc nuối nói rằng lẽ ra ông phải quay lại Ai Cập, lẽ ra ông nên làm hoàng đế phương Đông chứ không phải phương Tây.
