Sau khi chiếm được đất Ai Cập, Napoleon mất liên lạc với Pháp do hạm đội của đô đốc Paul Brueys đã bị hải quân Anh phát hiện và tiêu diệt ở vịnh Aboukir. Ông bèn đặt ra một bộ máy cai trị rất hiệu quả nhằm trưng thu lương thực và tiền bạc từ dân Ai Cập, còn mình dẫn quân tiến về Syria để giao chiến với một đạo binh Ottoman (đồng minh của Anh) đang hành quân xuống phía Nam.
Chiến dịch Syria cực kỳ gian khổ, đặc biệt vì thiếu nước. Đầu tháng 3 năm 1799, quân tiên phong Pháp đến thành Jaffa. Nơi đây là một trong những trung tâm thương mại lớn nhất Syria, cảng của nó đủ rộng để neo đậu cả một hạm đội. Thành được thiết kế theo lối Đông Tây kết hợp với tường cao, tháp pháo, nhưng không có hào nước bao quanh. Chỉ huy Jezzar Pasha có trong tay hơn 5000 lính và 50 khẩu pháo, tức là bằng phân nửa quân Pháp. Nếu bỏ qua nơi này, Napoleon sẽ bị đánh bọc sau lưng, bởi vậy ông quyết tâm chiếm nó bằng mọi giá.
Ngày 4 tháng 3, kỵ binh trinh sát của Murat khi thử áp sát tường thành, đã bị bắn cảnh cáo bởi một loạt đạn của 30 khẩu pháo. Sau vài ngày thu thập thông tin và đóng chốt ngăn các tuyến đường chính xung quanh Jaffa, Napoleon cử một sứ giả đến, đề nghị thành phố đầu hàng, nếu không tất cả sẽ bị tiêu diệt hết. Jezzar Pasha cho lính bắt giữ, tra tấn, thiến rồi chặt đầu người này, cắm cọc bêu trên tường thành. Giân chưa từng thấy, Napoleon lập tức ra lệnh tấn công.
Dù thành Jaffa khá kiên cố theo tiêu chuẩn Ottoman, nhưng nó đã gặp phải khắc tinh: Napoleon xuất thân từ tướng pháo binh và chiến công đầu tiên của ông là hạ thành Toulon. 7 giờ sáng ngày 7 tháng 3, pháo binh Pháp nã đạn vào các tháp canh, dập tắt hỏa lực Ottoman và bắn sập một mảng lớn tường thành. Đến 15 giờ thì bộ binh Pháp xung phong qua các lỗ hổng. Dù quân trong thành kháng cự rất kiên cường nhưng sự chênh lệch không đơn giản chỉ là vũ khí và quân số, các trung đoàn Pháp đã theo Napoloen chinh chiến suốt 3 năm nên cực kỳ tinh nhuệ. Tướng Louis André Bon trong lúc tấn công vào cổng phía Bắc vô tình phát hiện một đường hầm bí mật, có lẽ dùng để ra khỏi thành khi khẩn cấp. Sư đoàn của Bon đột nhập qua đường hầm này vào tận trung tâm thành phố rồi đánh tỏa ra, đẩy nhanh quá trình sụp đổ của người Ottoman. Chỉ huy Jezzar Pasha kịp chạy thoát cùng một nhúm thuộc hạ, còn cấp phó Abdallah Bey bị bắt và chém đầu. Napoleon ra lệnh đồ sát toàn bộ thành phố trong 2 ngày 2 đêm, chỉ vài trăm người được phép rời đi để báo tin cho những nơi khác rằng số phận như vậy sẽ đến nếu họ không chịu đầu hàng. Biện pháp này bị phản tác dụng, các thành phố còn lại của Syria đều liều chết chống cự đến cùng.
Sau khi kiểm soát được thành Jaffa với thương vong thấp (50 lính chết và khoảng 200 bị thương), Napoleon nhận tin báo vẫn còn 4.000 lính Thổ, phần lớn là người Albania, lui về kháng cự trong một vị trí kiên cố, lũy đắp bốn bề. Khi các sĩ quan Pháp đến doạ dẫm để buộc họ đầu hàng, họ đã trả lời rằng sẽ chỉ làm vậy nếu người ta hứa không giết họ, bằng không, họ sẽ chống cự đến giọt máu cuối cùng. Một sĩ quan Pháp khi đó đã tự ý hứa vượt quyền và tất cả hạ vũ khí đầu hàng. Quân Pháp nhốt những tù binh đó trong một nhà kho. Napoleon giận đến cực điểm, một phần vì sự lạm quyền của cấp dưới, một phần vì hậu quả mà nó mang lại. Ông cho rằng hứa tha chết cho những lính Thổ ấy là một sự điên rồ. “Chúng định bắt tôi làm gì bây giờ? Làm gì có lương thực để nuôi chúng? Làm gì có tàu để chở chúng về Ai Cập hay về Pháp? Chúng đã làm được gì cho tôi?”. Quả thực, quân Pháp không có tàu, cũng không đủ người để áp giải 4.000 lính tinh nhuệ ấy qua những vùng sa mạc mênh mông để quay về Ai Cập. Thoạt tiên Napoleon còn chưa quyết tâm thực hiện ý định khủng khiếp… Qua ba ngày suy nghĩ, do dự và ngần ngại, cuối cùng, ngày thứ tư, ông hạ lệnh xử tử toàn bộ 4.000 tù bình. Họ bị dẫn ra bờ biển và bị bắn đến người cuối cùng. Một sĩ quan Pháp khi đó đã nói: “Tôi mong rằng đừng ai cảm thấy những điều mà chúng tôi đã cảm thấy khi chứng kiến cuộc hành hình ấy”.
Tình hình Jaffa dưới sự chiếm đóng của Pháp được chép lại như sau: “Trong nhà, ngoài phố, trên mái nhà, trong hầm chứa, trong vườn rau, vườn cây ăn quả, đâu đâu cũng thấy xác dân chúng bị tàn sát đang rữa thối không ai thu dọn.”. Bệnh dịch hạch bùng nổ do vệ sinh kém, buộc Napoleon phải gấp rút rời thành phố ma này tiến đến Acre. Nơi đó sẽ là điểm xa nhất của phương Đông mà số mệnh cho phép ông đặt chân tới.
– Muitenbac777 –