Như đã biết, trong suốt thế kỷ XIII, toàn lục địa Âu- Á bị chấn động bởi làn sóng bành trướng mãnh liệt của người Mông Cổ. Ở Đông Á sau khi thôn tính được Trung Quốc và Triều, người Mông Cổ bắt đầu tìm cách vươn ra biển khơi tới Nhật Bản.
Trong các năm 1268 và 1271 Hốt Tất Liệt đã phái sứ giả đem thư tới Nhật, đòi Nhật phài gửi ngay sứ đoàn đến triều đình Mông Cổ để bày tỏ sự thần phục.
Nhưng sự hùng mạnh của mạc phủ Kamakura dưới thời họ Hojo trong thế kỷ XIII, và vị trí đặt biệt của người Nhật ngoài biển khơi, đã cho phép Nhật Bản tỏ thái độ cứng rắn trước các yêu sách của Mông Cổ. Nắm quyền Mạc phủ lúc này là Shikken Hojo Tokimune đã cự tuyệt, không trả lời nhà Nguyên, đồng thời tăng cường công tác phần thủ đất nước. Nhiều công sự và pháo đài đã được xây dựng ở cực Tây Nam đảo Honshu và vùng Tây Bắc đảo Kyushu là những nơi có khoảng cách gần với bán đảo Triều Tiên nhất, mà quân đội Nguyên Mông có nhiều khả năng đổ bộ qua eo biển Susima. Các chiến thuyền được gấp rút xây dựng cùng với các lực lượng vũ trang võ sĩ của các lãnh chúa đươc điều động về vùng này.
Sau khi hoàn toàn chinh phục được Triều Tiên 1270, và lấy Triều Tiên làm bàn đạp để chuẩn bị cho chiến tranh, năm 1274, Hốt Tất Liệt sai tướng Hàn Đô đem 33.000 quân cùng với rất nhiều chiến thuyền Triều Tiên viễn chinh sang Nhật Bản. Quân đội Nguyên Mông đã khá dễ dàng đánh bại được các đơn vị đồn trú của Nhật Bản trên các đão tiền tiêu là Tusima và Iki. Những người cầm đầu ở đây đều bị giết và các đảo này bị tàn phá. Quân đội Nguyên Mông tiến vào vịnh Hakozaki đến vùng Tây Bắc của đảo Kiuxiu thuộc tỉnh Chikuzen và đổ bộ vào cửa Ymasu. Dưới sự yểm trợ của vũ khí lửa, chiến thuyền của quân Nguyên Mông định cập bờ để đổ bộ. Nhưng bão lớn nổi lên đã đánh đắm một phần quan trọng thuyền bè của người Mông Cổ. Trong khi đó, do có chuẩn bịtừ trước với quyết tâm chiến đấu cao, quân đội Nhật đã anh dũng giáng trả quân xâm lược, buộc chúng phải rút lui. Cuộc viễn chinh lần thứ nhất của nhà Nguyên sang Nhật đã bị thất bải nặng nề.
Tuy nhiên, Hốt Tất Liệt vẫn chưa từ bỏ đã tâm xâm lược Nhật Bản trong một cuộc viễn chinh quy mô hơn. Về phía mình Nhật Bản cũng tăng cường hơn nữa công cuộc phòng thủ tích cực. Quân đội được tổ chức và củng cố lại, không chỉ có tầng lớp võ sĩ Gokenin mà cả các võ sĩ Higokenin cũng được động viên chuẩn bị cho cuộc chiến tranh vệ quốc mới. Mặt khác, tuy đế quốc Nguyên Mông lúc này rất hùng mạnh, nhưng không thể dể dàng huy động được một lực lượng lớn cho cuộc viễn chinh trên biển cả. Thắng lợi trong cuộc chiến tranh thứ nhất 1271 đã củng cố lòng tin của người Nhật vào sức mạnh của mình. Vì vậy mà năm 1275, khi Hốt Tất Liệt lại cử sứ thần sang Nhật đòi Nhật Bản phải thần phục, thì Shikken Hojo Tokimune đã không do dự ra lệnh giết chết các sứ thần nhà Nguyên. Cuộc chiến tranh xâm lược mới của nhà Nguyên với Nhật Bản, do đó, chỉ còn là vấn đề thời gian.
Năm 1281, Hốt Tất Liệt đã sai các tướng A Tháp Hải, Hàn Đô, Hồng Trà Khâu cùng hơn 150.000 quân viễn chinh sang Nhật. Quân Nguyên Mông chia làm hai đường từ bán đảo Triều Tiên qua, và một đường từ miền nam Trung Quốc tới, dự định hội sư ở bờ biển đảo Kiuxiu. Nhưng hạm đội từ phía nam Trung Quốc đến chậm, khiến cho quân Nhật có thể tiêu diệt được hạm đội từ đường Triều Tiên sang là hạm đội tương đối yếu hơn. Sau đó, hạm đội chính từ Nam Trung Quốc tiến vào vịnh Hakozaki và các đảo Taka Hirato, tỉnh Hizen thì bị trận bão lớn ngày 16-8-1281 làm đắm phần lớn.
Đồng thời quân Nhật lại tiếp tục giáng cho đạo quân sống sót của Nguyên Mông những đòn chí tử. Hơn 15 vạn quân Nguyên Mông ra đi, mà chỉ có khoảng trên dưới 3 vạn trở về. Người Nhật lại chiến thắng oanh liệt trong cuộc kháng chiến chống Nguyên Mông lần thứ 2. Nguyên nhân chủ yếu của thắng lợi này là tinh thần yêu nước, quyết tâm bảo vệ tổ quốc và sự hùng mạnh của Nhật Bản dưới thời Mạc phủ Kamakura do họ Hojo nắm quyền. Ngoài ra, điều kiện địa lý tự nhiên với biển khơi cách trở, nhiều bão tố cũng góp phần làm nên chiến thắng của người Nhật. Cả hai lần viễn chinh sang Nhật, chiến thuyền của nhà Nguyên đều bị bão lớn làm cho tổn thất nặng nề. Người Nhật đã thần thánh hóa điều này, cho rằng thần linh đã phù trợ họ, nên gọi bão tố đó là “Thần Phong” Kamikaze.
Sau hai lần bị thất bại cay đắng, nhà Nguyên trên thực tế vẫn chưa từ bỏ tham vọng khuất phục Nhật Bản. Năm 1283, Hốt Tất Liệt lại sai A Tháp Hải cùng các tướng lĩnh khác chuẩn bị một cuộc viễn chinh lần thứ ba sang Nhật để phục thù. Nhưng những sự kiện diễn ra ở Việt Nam trong thời gian này đã khách quan giúp Nhật tránh được một cuộc chiến tranh xâm lược mới của nhà Nguyên. Năm 1285, cuộc chiến tranh xâm lược quy mô lớn của 50 vạn quân Nguyên do đích thân Thái tử Thoát Hoan con trai Hốt Tất Liệt chỉ huy đã hoàn toàn thất bại ở Việt Nam. Rõ ràng, tầm vóc và quy mô thất bại ở Đại Việt đối với nhà Nguyên là lớn hơn rất nhiều (50 vạn quân trên chiến trường đất liền đối với quân Nguyên Mông thiện chiến về kỵ binh, so với hơn 15 vạn quân trên chiến trường biển khơi nhiều bão tố) so với thất bại ở Nhật Bản. Chính vì vậy mà, để tập trung chuẩn bị cho cuộc chiến tranh xâm lược lần thứ ba đối với Việt Nam, năm 1286 Hốt Tất Liệt đã quyết định “gác việc Nhật Bản để chuyên việc Giao Chỉ” tức là bãi bỏ cuộc viễn chinh sang Nhật Bản, để tập trung cho cuộc xâm lược Việt Nam.
Với hai lần oanh liệt chiến thắng Nguyên Mông, Nhật Bản đã bảo vệ được nền độc lập của mình. Khác với đại lục Đông Á và nhiều nơi khác, trong làn sóng bành trướng của người Mông Cổ thế kỷ XIII, Nhật Bản không hoàn toàn thống trị bở đế quốc Nguyên Mông. Những cuộc chiến tranh xung đột với Nguyên Mông cũng diễn ra ngắn ngủi và nhanh chóng, không gây cho Nhật nhiều thiệt hại như các nơi khác ở lục địa Á- Âu bị vó ngựa Mông Cổ dày xéo.
Nếu như trong lịch sử Trung đại và Cận đại, châu Á nói chung và Đông Á nói riêng ít nhất là có hai lần đứng trước nguy cơ và thế lực bành trướng lớn của người Mông Cổ thời Trung đại, và của chủ nghĩa tư bản thời Cận đại thì Nhật Bản hầu như là quốc gia duy nhất cả hai lần đều bảo tồn được chủ quyền và nền độc lập của mình.
