Cuối năm 1409, Trùng Quang đế cho rút quân về Nghệ An lo việc phòng thủ lâu dài. Trương Phụ tranh thủ đánh dẹp các lực lượng khởi nghĩa ở vùng Kinh lộ để lấy vùng này làm bàn đạp vững chắc cho cuộc tấn công tổng lực vào vùng Thanh Nghệ, tiêu diệt nhà Hậu Trần, dập tắt sự phản kháng của nhân dân ta. Do các lực lượng khởi nghĩa ở các nơi rời rạc thiếu đồng bộ nên lần lượt bị quân Minh nhanh chóng đánh bại.
Một số ít cuộc khởi nghĩa không bị tiêu diệt, tan rã thì cũng phải rút lui vào núi cao, rừng sâu để lẫn tránh. Quân Minh lại dùng chính sách chiêu dụ và khủng bố một cách rất tàn bạo, khiến cho nhân dân vùng Kinh lộ phải ngậm đắng nuốt hờn. Chiến sự kéo dài liên miên khiến cho việc hậu cần của quân Minh gặp khó khăn. Liệu thế không thể dứt điểm nhanh, Trương Phụ sai quân thay phiên lập đồn điền tự cung tự cấp lấy một phần lương thực.
Trong bối cảnh đó, quân Hậu Trần tại vùng Thanh Nghệ cũng không thể ngồi yên chờ giặc đến. Nghĩa quân cố gắng tranh thủ từng ngày để củng cố lực lượng, tích trữ quân lương, rèn đúc vũ khí. Đặng Dung sau khi bại trận ở Hàm Tử vẫn còn lại một phần quân lực kịp rút lui. Ông đã cố gắng điều động quân dân xây dựng một hệ thống chướng ngại dọc các tuyến sông chính từ bắc vào nam để ngăn chặn quân Minh. Quân dân ta cùng nhau đổ đá, đóng cọc phong tỏa các tuyến sông, cửa sông, đồng thời bố trí các cánh quân mai phục chờ chặn giặc.
Nguyễn Cảnh Dị dẫn hàng trăm chiến thuyền đánh phá các nơi dọc sông Thái Bình để tạo vùng đệm với quân chủ lực của Trương Phụ. Hạm đội nhà Hậu Trần chia thành các toán quân nhỏ đánh phá các thuyền buôn nước Minh ở vùng biển đông bắc, đánh cả sang vùng biển Khâm Châu để cướp lương thực và quấy rối, buộc giặc phải chia quân đi đánh. Hai cánh quân của Đặng Dung và Nguyễn Cảnh Dị đóng vai trò tiền tiêu che chắn cho toàn bộ lực lượng nhà Hậu Trần ở tuyến sau đang cố gắng tăng cường lực lượng, vật chất.
Do sự đánh phá của Nguyễn Cảnh Dị, Trương Phụ quả nhiên phải cầm quân hướng ra biển để đối phó. Ngày 9.10.1409, quân của Trương Phụ đụng trận với quân của Nguyễn Cảnh Dị tại cửa biển Thái Bình. Thuyền quân Minh hành quân gặp thuyền do thám của quân Hậu Trần, bèn chèo nhanh đuổi kịp, đánh bắt cả. Trương Phụ thấy 300 chiến thuyền của Nguyễn Cảnh Dị đóng gần đó, thúc quân vây đánh. Quân Minh trước tiên bắn tên và đạn đá, rồi chèo thuyền đâm thẳng vào hàng ngũ quân Hậu Trần. Nguyễn Cảnh Dị liệu thế khó thủ thắng, lệnh cho quân quay thuyền rút lui, chỉ để lại một đội thuyền đánh chặn hậu và rút sau. Quân Minh đánh hăng, khiến quân chặn hậu của ta tổn thất nặng, Ninh Vệ đại tướng quân Phạm Tất Lật bị giặc bắt. Nguyễn Cảnh Dị dẫn số thuyền còn lại rút về nam. Sau trận này, thủy quân nước Minh cũng chia nhau tuần tiễu vùng biển từ Khâm Châu trở xuống nước ta rất nghiêm ngặt. Các chiến thuyền của quân Hậu Trần vì thế phải rút khỏi vùng biển.
Mặc dù những hoạt động của quân Hậu Trần không giúp tạo nên một chuyển biến rõ ràng tương quan lực lượng, nhưng đã khiến cho quân Minh phải mất nhiều thời gian để đối phó. Trương Phụ sau khi tạm thời bình định được các châu lộ gần Đông Quan, kiểm soát lại được vùng biển đông bắc thì liền tập trung lực lượng kéo xuống đánh quân Hậu Trần. Thế nhưng một lần nữa kế hoạch của hắn bị chậm trễ trước mưu kế của Đặng Dung. Chỉ riêng việc tháo dỡ chướng ngại vật, phá cọc, dỡ đá khỏi các tuyến sông đã bị quân ta lấp chặn cũng khiến quân Minh rất vất vả. Lại thêm Đặng Dung giỏi dùng thủy quân mai phục.
Giặc hành quân đông thì sông bị tắt nghẽn bởi vật cản, hành quân ít để khai thông đường thủy thì bị phục kích. Trương Phụ phải tiến quân chậm chạp, mất gần nửa tháng mới tiến được đến Thanh Hóa đóng doanh trại. Trùng Quang đế sai sứ giả là Đoàn Tự Thủy đến trại quân Minh giảng hòa, xin được phong tước để làm kế hoãn binh. Trương Phụ lật lọng nói rằng trước đã tìm con cháu họ Trần nhưng không gặp, nay chỉ biết nhận lệnh đánh dẹp không cần biết chuyện khác. Sứ giả Đoàn Tự Thủy bị giặc bắt giết. Việc giảng hòa không thành.
Trước sức tấn công của Trương Phụ, quân Hậu Trần đều lần lượt rút dần khỏi Thanh Hóa, về Nghệ An cố thủ. Chỉ riêng các lực lượng thủy quân dưới trướng của Đặng Dung vẫn bám trụ ở các con sông tại Thanh Hóa và cả ở hạ lưu sông Hồng dùng chiến thuật tập kích, gây cho quân Minh khá nhiều phiền toái. Đặng Dung cầm quân thoắt ẩn thoắt hiện, lúc đánh trong sông, lúc vòng ra biển. Quân Minh chẳng biết đâu mà lần theo dấu vết. Việc không hoàn toàn xác lập được một chiến tuyến rõ ràng khiến cho Trương Phụ gặp khó khăn trong huy động hậu cần và tập kết các mũi tấn công lớn. Nhờ sự bám trụ kiên cường của Đặng Dung, quân Minh không thể bình định được Thanh Hóa để làm bàn đạp tấn công Nghệ An.
Sang đầu năm 1410, gần 4 tháng kể từ khi Trương Phụ kéo viện binh sang, quân Minh vẫn chưa thể giành được lợi thế mang tính quyết định. Giữa lúc đó, ở nước Minh lại có việc binh đao lớn. Quân Bắc Nguyên dưới sự chỉ huy của Khả hãn Bản Nha Thất Lý (Bunyashiri) từ những năm trước đã thường xuyên đem quân đánh phá biên giới nước Minh. Minh Thành Tổ Chu Đệ đã sai sứ đến giảng hòa. Nhưng Bản Nha Thất Lý đã giết sứ giả nước Minh, tiếp tục các cuộc cướp phá. Chu Đệ phái 10 vạn quân dưới quyền chỉ huy của Kỳ quốc công Khâu Phúc đi đánh báo thù. Quân Minh bị quân Bắc Nguyên đánh tan tác tại trận Lỗ Luân.
Lúc này Chu Đệ hết sức tức giận và càng nhận rõ sức mạnh đáng sợ của các bộ tộc Bắc Nguyên, liền lên kế hoạch điều động 50 vạn quân đi đánh. Trương Phụ là một trong những tướng giỏi nhất của nước Minh và hiện đang nắm giữ một lực lượng tinh nhuệ đáng kể tại chiến trường Đại Việt cũng được vua Minh triệu hồi gấp về nước. Tháng 2.1410, Trương Phụ cùng các thuộc tướng là Vương Hữu, Chu Vinh, Thái Phúc, Lâm Thiết Mộc Nhi cùng các quân lính đã điều động tiếp viện cho Mộc Thạnh trước đó đều nhận lệnh phải quay trở về nước, hành quân đến thành Bắc Kinh hội quân với Chu Đệ để đối phó với quân Bắc Nguyên. Mộc Thạnh với các lực lượng còn lại phải tự gánh lấy nhiệm vụ đối đầu với nhà Hậu Trần.
Trương Phụ nhận quân lệnh không thể không về. Nhưng trước khi rút quân, hắn cố gắng mở một cuộc hành quân lớn để giải tỏa sức ép cho số quân Minh còn lại dưới trướng của Mộc Thạnh. Lực lượng lớn nhất ngoài quân Hậu Trần lúc bấy giờ là quân của Nguyễn Sư Cối ở Đông Triều. Sử nước Minh ghi có đến 2 vạn quân, nhiều khả năng là phóng đại để tô điểm cho chiến công của tướng Minh. Trương Phụ coi lực lượng của Nguyễn Sư Cối là cái gai ngay sát cạnh Đông Quan cần phải nhổ bỏ nên đã đích thân cầm quân mở cuộc càn quét lớn. Nghĩa quân vốn không có nhiều kinh nghiệm chiến đấu, chỉ trong một đợt càng quét đã bị quân Minh đánh tan, thương vong đến hàng ngàn quân cùng nhiều tướng lĩnh chủ chốt. Trương Phụ sai gom xác nghĩa quân chết trận cùng xác tù binh bị hành quyết chất thành gò đống, lấy đất phủ lên trên để khủng bố tinh thần nhân dân.
Rõ ràng tình thế lúc này đã buộc vua Minh lựa chọn giữa hai mặt trận bắc và nam. Việc chỉ để Mộc Thạnh lại với đám quân ít ỏi chắc chắn sẽ tạo thời cơ thuận lợi cho quân Hậu Trần đánh bại quân Minh. Trương Phụ biết rõ điều đó, bởi vậy hắn vẫn chưa cam tâm rút hết quân như lệnh, mà cố gắng gởi một bản tấu về vua Minh, lên kế hoạch về xếp đặt lực lượng cho chiến trường Đại Việt :
“Nhận được sắc chỉ mang quân trở về nước, bọn thần tuân mệnh lên đường. Nay đầu sỏ giặc là Trần Quí Khoáng, bọn đồ đảng Nguyễn Súy, Hồ Kỳ, Nguyễn Cảnh Dị vẫn đóng tại Diễn Châu, Nghệ An, sát Thanh Hoá. Đặng Dung lãnh quân ngăn chặn cửa sông Thần Đầu, Phúc Thành chiếm cứ đường huyết mạch Thanh Hoá, ra vào vùng cửa biển Đại An cướp phá. Nếu điều động hết số quân trước đây trở về, sợ Kiềm quốc công Mộc Thạnh binh ít không địch nổi, khiến công sắp thành phải bỏ lỡ. Nay muốn lưu lại Đô đốc Giang Hạo, Đô Chỉ Huy sứ Du Nhượng, Hoa Anh, Sư Hữu lãnh 4 Đô ty Vân Nam, Phúc Kiến, Quảng Đông, Giang Tây ; 2 hành Đô ty Tứ Xuyên, Phúc Kiến ; các binh đoàn Hộ vệ cùng các đơn vị lập công chuộc tội thuộc các xứ Kinh Châu, Nam Xương, Vũ Xương, Quảng Tây dưới quyền điều động của Thạnh. Riêng thần suất lãnh quan quân tuỳ tòng, đơn vị Hổ Bôn quan quân tại kinh Trực Lệ, cùng 4 Đô ty Hồ Quảng, Quí Châu, Tứ Xuyên, Chiết Giang trở về. Ngoài ra Thạnh nắm giữ đại quân một mình, xin cho Vân Dương bá Trần Húc giữ chức Phó, để cùng bàn bạc việc quân.”(theo Minh Thực Lục)
Lời của Trương Phụ được vua Minh chấp nhận. Như vậy là Trương Phụ dù rút quân nhưng vẫn để lại một lực lượng khá hùng hậu giao lại cho Mộc Thạnh tiếp tục cuộc đàn áp nhân dân ta. Tháng 3.1410, Trương Phụ phải rút quân về nước. Mộc Thạnh lĩnh ấn soái thay thế. Tương quan lực lượng bấy giờ thay đổi rõ rệt. Quân Hậu Trần không còn là bên quá thua thiệt về quân số như khi Trương Phụ còn ở nước ta nữa. Vả lại, những tướng lĩnh còn lại của quân Minh cũng không giỏi bằng Trương Phụ và các thuộc tướng của hắn. Tận dụng thời cơ, nhà Hậu Trần bắt đầu có những hoạt động giành lại thế chủ động trên chiến trường.
Quốc Huy/Một Thế Giới