Vua Trùng Quang lên ngôi trong một bối cảnh khá đặc biệt. Trùng Quang thừa kế lực lượng nhà Hậu Trần đã được các tướng lĩnh gây dựng lên tương đối vững mạnh, trở thành điểm tựa cho toàn bộ phong trào khởi nghĩa chống Minh trên cả nước. Vua có tình nhân từ, đã thu phục được lòng người, giúp cho nhà Hậu Trần giữ được sự thống nhất về tổ chức, lực lượng. Thế nhưng Nhân Hòa đã có, Thiên Thời lại mất. Khi Trương Phụ kéo viện binh sang, tình thế lúc này đã khó khăn cho quân ta rất nhiều so với lúc Đặng Tất vừa chiến thắng quân Minh ở Bô Cô. Giặc có quân đội chính quy đông mạnh, đã từng bước tìm cách giành lại thế trận.
Tháng 9.1409, Trương Phụ hội quân với Mộc Thạnh ở Đông Quan, đánh dẹp ngoại vi thành Đông Quan rồi bắt đầu kế hoạch phản kích toàn diện nhằm vào quân Hậu Trần và các lực lượng khởi nghĩa khác. Trước tiên, quân Minh nhằm vào khối quân Hậu Trần đóng ở Hạ Hồng (thuộc Hải Dương ngày nay) do Nguyễn Súy cùng Giản Định đế chỉ huy. Quân ta chống không nổi, Nguyễn Súy và Giản Định phải chia quân rút lui. Thượng hoàng Giản Định bỏ thuyền lên bộ tách ra đi đường khác, đến đóng ở trấn Thiên Quan (nằm ở Lạc Thủy, Hòa Bình và Gia Viễn, Ninh Bình ngày nay). Trùng Quang đế hay tin, nghi ngờ thượng hoàng Giản Định muốn ly khai nên sai Nguyễn Súy cầm quân đuổi theo nhưng không kịp.
Tại trấn Thiên Quan Trương Phụ đã kéo quân tới trước. Trương Phụ tự mình thống lĩnh kỵ binh, Mộc Thạnh cầm bộ binh. Các tướng Minh là Chu Vinh, La Văn dẫn thủy binh chia nhau mở cuộc vây bắt lớn. Quân Minh có lực lượng áp đảo hoàn toàn so với quân của Giản Định, truy đuổi rất gấp. Giản Định vừa đến trấn Thiên Quan trú trong nhà dân, thấy quân Minh kéo tới chỉ còn cách bỏ trốn vào trong rừng. Quân Minh lục soát nhà dân rồi bao vây cả khu rừng, rốt cuộc Giản Định cùng các tướng Trần Hy Cát, Nguyễn Nhữ Lệ, Nguyễn Yến đều sa lưới giặc. Trương Phụ sai quân giải cả về kinh đô Kim Lăng nước Minh, sau vua Minh đem giết đi. Nguyễn Súy tới chậm, phải dẫn quân rút lui về Thanh Hoa bảo toàn lực lượng.
Liền sau khi đánh bắt được Giản Định, Trương Phụ một mặt sai đô đốc Giang Hạo cầm quân đóng lại Hạ Hồng, mặt khác lại tổ chức một chiến dịch lớn tiến đánh khối quân của vua Trùng Quang đang đóng ở vùng Bình Than – Khoái Châu. Vua Trùng Quang lệnh cho Đặng Dung đem quân giữ Hàm Tử quan, để gây áp lực cho thành Đông Quan từ phía nam, lực lượng còn lại do Trùng Quang và Nguyễn Cảnh Dị chỉ huy vẫn đóng giữ tại Bình Than để uy hiếp Đông Quan từ mặt đông.
Cách bố trí quân như vậy là để buộc Trương Phụ phải chia nhỏ lực lượng để giữ thành Đông Quan, không thể dồn đánh một trận lớn được. Nhưng vì quân ta ít nên trong hai khối quân ở Hàm Tử và Bình Than cũng chỉ có một khối được ưu tiên mà thôi. Đó là khối quân của vua Trùng Quang. Còn quân của Đặng Dung ở Hàm Tử thì yếu hơn, chỉ tầm 1 vạn quân, chủ yếu giữ thế phòng thủ. Trương Phụ có trong tay hơn 8 vạn quân, cũng không ngần ngại chia quân làm hai cánh. Một cánh quân Minh do Đô chỉ huy Từ Chính chỉ huy tiến đánh Bình Than. Còn Trương Phụ đem quân thủy bộ tiến đánh Hàm Tử.
Từ Chính đem quân đến đánh Bình Than, quân Hậu Trần nghi binh rút lui tránh đi, rồi xuôi dòng sông Thái Bình đến đánh Hạ Hồng, đánh bại được quân của Giang Hạo đóng tại đây. Giang Hạo rút chạy về hướng Bình Than, quân ta thừa thế đuổi theo ráo riết. Nguyễn Cảnh Dị cùng vua Trùng Quang tổ chức bao vây quân Minh ở Bình Than, đánh phá dữ dội. Quân Minh không chống nổi, Đô chỉ huy Từ Chính bị quân ta giết chết, thuyền trại quân Minh bị đốt gần hết. Trận này quân Hậu Trần toàn thắng, chiếm lại được căn cứ Bình Than. Qua đó, cả vùng ven biển đông bắc vẫn được giữ vững.
Trong khi đó tại mặt trận Hàm Tử quan, tình hình không được thuận lợi. Đặng Dung đóng quân ở Hàm Tử, cho quân đóng cọc dưới sông, dựng lũy trên bờ phía đông sông Hồng, dàn thuyền thành các đội phòng thủ và mai phục rất bài bản. Trương Phụ đem đại quân tới, thấy trận thế quân Hậu Trần đã vững, chưa dám đánh ngay, đóng quân chờ gió tây bắc. Lúc này vào khoảng cuối tháng 8 Âm lịch (9.1409 dương lịch), đang mùa lúa sớm. Quân Hậu Trần bị thiếu lương thực, trưng mua trong dân không đáp ứng đủ. Tình hình nghiêm trọng khiến Đặng Dung phải ra lệnh chia quân đi gặt lúa sớm làm quân lương. Trương Phụ dò biết tin, tung quân đánh lớn.
Ngày 29.9.1409, quân Minh chia đường thủy bộ tiến đánh dữ dội vào Hàm Tử quan. Trương Phụ sai các tướng Trần Húc, Du Nhượng chỉ huy thủy quân, thuyền lớn thuyền nhỏ dàn trận dày kín mặt sông tiến đánh. Kỵ bộ quân Minh thì dưới quyền chỉ huy của Chu Quảng, Phương Chính cũng tiến đánh dọc bờ phía tây, phối hợp với thủy quân. Trương Phụ dẫn đi thuyền lớn theo sau đội thủy quân làm hậu viện, khí thế rất dữ dội. Đặng Dung sai Nguyễn Thế Mỗi đem 600 chiến thuyền dàn trận ngênh địch. Thủy quân giặc Minh lợi dụng nước triều chảy xuôi và gió mùa đông bắc mà chèo nhanh xáp vào trận địa quân Hậu Trần, dùng súng lớn súng nhỏ bắn tới tấp, cung tên từ các thuyền và từ bên bờ phía tây cũng bắn như mưa.
Quân Hậu Trần mặc dù có chuẩn bị tốt và chống trả rất kiên cường nhưng vì bị áp đảo hoàn toàn về số lượng nên dần núng thế. Nguyễn Thế Mỗi thấy không chống nổi, lệnh cho quân quay thuyền chèo rút lui. Quân Minh cố sức chèo nhanh đuổi theo. Thuyền quân Hậu Trần nhỏ gọn nên lướt qua được bãi cọc đã bố trí sẵn, còn thuyền quân Minh có những chiếc to lớn đi trước bị vướng cọc nối nhau vỡ đắm. Đặng Dung lúc này mới phát pháo lệnh cho các thuyền nhỏ mai phục ở các kênh rạch xông ra đánh tạt sườn. Thế trận dằn co, quân Minh chết trận rất nhiều nhưng số lượng vẫn áp đảo quân ta. Kỵ binh, bộ binh giặc được các thuyền chở vượt sông đánh vào chiến lũy quân Hậu Trần. Quân tướng nhà Hậu Trần không nao núng, dựa vào chiến lũy mà đánh hạ rất nhiều quân giặc. Đặng Dung lấy ít địch nhiều vẫn giữ được thế trận ngang ngửa với quân Minh, khắp chiến trường gươm giáo tua tủa, tên đạn bay rợp trời.
Đương lúc giằng co thì Trương Phụ đích thân cầm đầu đội thuyền chiến lớn từ hậu quân đến tiếp viện. Đặng Dung vốn đã tung hết lực lượng mà mình có ra để cố sức chống cự, đến khi Trương Phụ đem binh tới thì thế trận đã an bài. Quân Hậu Trần ít không địch nổi nhiều, Đặng Dung cố gắng cầm cự đến lúc trời chập tối liền hạ lệnh rút lui. Quân Minh thừa thế chém giết. Cả trận quân Hậu Trần mất hơn 400 chiến thuyền, hàng ngàn nghĩa sĩ tử trận. Tướng Phan Đê cùng khoảng 200 quân ta bị giặc bắt sống. Quân Minh tuy thắng trận nhưng cũng chết nhiều vô kể, nhất là thủy quân thiệt hại nặng vì vướng cọc của quân ta. Đặng Dung lợi dụng trời tối cho quân rút lui về Nghệ An. Trương Phụ cũng không dám tung quân truy kích quá xa, sợ trúng mai phục lần nữa.
Đặng Dung thua trận tại Hàm Tử, chẳng những lực lượng bị hao tổn mà còn khiến cho khối quân của Trùng Quang đế ở Bình Than rơi vào thế nguy hiểm. Trương Phụ chiếm được Hàm Tử là có thể uy hiếp được các tuyến sông quan trọng ở vùng đông bắc, có thể hình thành thế bao vây căn cứ Bình Than, chặn đường rút lui của Trùng Quang ra biển hay về nam. Bởi vậy, khi hay tin Hàm Tử quan thất thủ, Trùng Quang cùng Nguyễn Cảnh Dị cũng bàn nhau rút lui về Nghệ An lo việc phòng giữ.
Trương Phụ thừa thắng, đem quân thủy bộ tiến về nam. Nhưng hắn chưa thể rảnh tay dốc đòn tổng lực mà còn phải chia quân đánh dẹp từng cuộc khởi nghĩa một trong tổng số hàng loạt các cuộc khởi nghĩa ở đồng bằng sông Hồng. Quân Minh chiêu dụ, mua chuộc bọn vong bản về phe chúng, đua nhau chỉ điểm, bắt giết đồng bào để được nhận tiền bạc, quan tước. Mặt khác Trương Phụ theo chính sách tàn ác mà Minh Thành Tổ đã từng áp dụng với chính dân nước Minh là “một người có tội dây dưa đến mười họ”, theo đó mà thả sức tàn sát nhân dân vô cùng ghê rợn.
Đại Việt Sử Ký Toàn Thư đã chép những dòng đầy đau thương: “Phụ đi đến đâu, giết chóc rất nhiều, có nơi thây chất thành núi, có chỗ moi ruột quấn vào cây, hoặc rán thịt lấy mỡ, hoặc nướng đốt làm trò. Thậm chí có đứa mổ bụng lấy thai, cắt lấy hai cái tai để nộp theo lệnh. Kinh lộ các nơi lần lượt đầu hàng. Những dân còn sót lại bắt hết làm nô tỳ và bị đem bán, tan tác khắp bốn phương cả.” Thế nhưng sự giết chóc, tàn sát của quân Minh chỉ làm cho nhân dân sợ hãi nhất thời, mà càng nuôi mối thù sâu vậy. Đó cũng là mối họa mà bọn giặc tự gieo cho chúng về sau. Người Việt lúc này ai ai cũng thù hận quân Minh đến tận xương tủy. Họ đã chẳng cần thiết phải có một nhà quý tộc họ Trần nào đó nổi lên mới đi theo mà chống giặc nữa. Lúc này, bất cứ ai có khả năng hiệu triệu toàn dân, đem lại độc lập cho người Việt, họ đều mong muốn hưởng ứng.
Quốc Huy/Một Thế Giới