Sau khi Ngô Đình Diệm chết, VNCH trở nên bất ổn về mặt chính trị với những cuộc đảo chính cùng những cuộc biểu tình liên miên. Quyền lực thực tế bị phân tán giữa những thành viên của cái gọi là Hội Đồng Quân Nhân Cách Mạng (HĐQNCM).
Về mặt xã hội thì miền Nam lúc đó chỉ có thể tóm tắt bằng một chữ “loạn”. Chỉ trong vòng 6 tuần sau ngày đảo chính lật đổ Diệm, đã có đến… 62 đảng phái ra đời. Có những đảng cũ tái sinh rồi chia ra làm bốn, làm năm. Có đảng được thành lập từ những chính trị gia vừa trở về sau khi lưu vong bên Miên, bên Pháp. Có đảng chỉ loe hoe ông đảng trưởng và vài ba đảng viên.
Các đảng phái ô hợp này không đóng góp được gì ngoài việc suốt ngày chỉ trích chính phủ và chỉ trích lẫn nhau một cách ô hợp. Mặt trận giải phóng miền Nam phát triển mạnh cả về lực lượng lẫn lãnh thổ kiểm soát, trong 43 tỉnh VNCH thời đó đã có 21 tỉnh được xếp hạng nghiêm trọng (critical) và 14 tỉnh cực kỳ nghiêm trọng (super-critical).
Tình hình đòi hỏi một thủ lĩnh mạnh và cương quyết và tướng Nguyễn Khánh, lúc này là tư lệnh Quân Đoàn I, có vẻ như đáp ứng được điều này!
Ngày 25/1/1964, Nguyễn Khánh vào Sài Gòn bàn bạc kế hoạch với những nhân vật đồng hội rồi trở về Huế. Ba ngày sau, 28/1/1964, Nguyễn Khánh thầm lặng sử dụng phương tiện dân sự bay vào Sài Gòn trong y phục dân sự để tiến hành “Chỉnh lý”.
Tối 29/1/1964 các đơn vị ra tay, bắt giữ các tướng lãnh hàng đầu trong HĐQNCM như Đôn, Kim, Xuân, Đính với tội danh được vẽ ra là bị Pháp mua chuộc và hoàn toàn không gặp bất cứ sự kháng cự nào. Thoạt tiên, những bại tướng này bị giải ra Đà Nẵng rồi sau đó đưa vào quản thúc tại Đà Lạt. Riêng Dương Văn Minh thì được Nguyễn Khánh “mời” ở lại Sài Gòn để làm quốc trưởng bù nhìn.
Ngày 13/9/1964, Lâm Văn Phát, Dương Văn Đức và Huỳnh Văn Tồn tiến hành đảo chính theo sự xúi giục của Nguyễn Tôn Hoàn, kẻ đã bất mãn vì không “lên” được thủ tướng.
Cuộc đảo chính bị dập tắt. Cũng lúc này, vì sức ép của Mỹ, Nguyễn Khánh tuyên bố thành lập “Thượng Hội Đồng Quốc Gia” bao gồm những chính khách dân sự cao niên. Ngày 29/10/1964 hội đồng bầu Phan Khắc Sửu làm quốc trưởng. Thế nhưng, ngay sau đó quốc trưởng Phan Khắc Sửu nhất định không chịu ký duyệt một sắc luật được hội đồng này soạn sẵn. Thấy vậy, ngày 20/12/1964, các tướng tức giận lật đổ Phan Khắc Sửu, giải tán Thượng Hội Đồng và bắt các thành viên đưa lên Pleiku tống giam
Đại sứ Mỹ Maxell Taylor nổi trận lôi đình. Ông cho “mời” bốn tướng trẻ thuộc Hội Đồng Tướng Lãnh gồm Nguyễn Cao Kỳ, Nguyễn Chánh Thi, Nguyễn Văn Thiệu và Chung Tấn Cang đến để trút cơn thịnh nộ. Taylor nói:
“Tất cả các ông nghe được tiếng Anh chứ? Trong bữa tiệc của tướng William Westmoreland, tôi đã nói với các ông rõ ràng rằng người Mỹ chúng tôi đã mệt mỏi với những cuộc đảo chính lắm rồi. Rõ ràng tôi đã phí lời. Tôi phải nói rõ là tất cả các kế hoạch quân sự mà tôi biết các ông đang tiến hành, sẽ chẳng đi đến đâu nếu không có một chính phủ ổn định. Bây giờ thì các ông gây ra một tình trạng hỗn độn thật sự. Chúng tôi không thể cưu mang các ông mãi mãi nếu các ông cứ làm những việc như vậy”.
Khi Khánh nghe được những gì đã xảy ra (theo lời của Kỳ, tay đại sứ Mỹ đã đối xử với họ như một đám thiếu úy vậy), ông ta thấy phải ra tay hành động tích cực hơn. Nguyễn Khánh tố cáo trước báo chí Mỹ là đại sứ Maxell Taylor đã xen vào chuyện nội bộ của Việt Nam, rằng chính phủ Mỹ cần triệu hồi Taylor về nước ngay lập tức. Tuy nhiên, chính phủ Mỹ cứng rắn: nếu Taylor phải về nước thì Mỹ sẽ ngưng viện trợ. Ván bài tháu cáy của Nguyễn Khánh đi vào ngõ cụt, báo hiệu cho sự đi xuống của ông ta.
Ngày 27/1/1965, tướng Nguyễn Khánh làm cuộc chỉnh lý, lật đổ chính quyền dân sự và Quốc trưởng Phan Khắc Sửu bị truất phế. Trần Văn Hương cũng bị bắt và quản thúc một thời gian ở Vũng Tàu.
Đại sứ Maxell Taylor liền phản đối, cho rằng chính phủ Mỹ “không thể làm việc” với Nguyễn Khánh. Ngày 20/2/1965, Hội Đồng Tướng Lãnh bỏ phiếu bất tín nhiệm Nguyễn Khánh, ép ông ta phải đi lưu vong dưới danh nghĩa đại sứ lưu động (danh nghĩa đại sứ VNCH nhưng không được ghi là tại một quốc gia nào, nên không có sứ quán hay nơi nào để đặt chân).
